目前，“三城一区”融合联动发展取得初步成效，协调对接机制初步形成、联动发展分工定位逐步明确、社会组织驱动联动合作日益增多，但仍然存在顶层设计亟需优化、协调力度有待提升、优势互补尚未达成、协同创新合作不足等诸多问题。

（一）组织架构搭建完成，运行机制尚待优化

为支撑北京国际科技创新中心建设，北京市设立“一处七办”^[1]组织架构，北京推进科技创新中心建设办公室秘书处（以下简称“北京办公室秘书处”）负责北京办公室日常工作，7个专项办各司其职，负责具体推进各专项工作，覆盖重大科技战略落实、政策创新改革、科技人才建设等重点领域，涵盖“三城一区”科技创新主平台。但由于“一处七办”缺乏实体领导机构，专项办主要依托相关市属委办局、各区政府工作体系运转，凝聚力有待加强。

（二）协调机制初步建立，协调力度有待提升

北京办公室秘书处牵头建立了协调会议机制，包括周例会、季度调度会及半年度调度会等形式，为“三城一区”搭建了沟通交流平台。“三大科学城”与“一区”签订战略合作协议，各单位相应建立工作专班或领导小组，初步探索建立了联动发展机制。但“三城一区”尚无市级层面领导机构，联动层级不够，工作协调力度不足，不能有效地解决“三城一区”融合联动发展中出现的深层次问题。

（三）联动分工初步明确，优势互补尚未达成

北京市根据“三城一区”创新资源、产业特点、发展方向等方面，明确了“三城一区”具体发展定位及建设目标（见表1），但“三城一区”融合水平尚需提升，目前并未在联动基础上充分发挥“三城一区”各自的优势力量，创新链、产业链难以形成有效衔接，创新资源优势尚未充分转化为产业优势。

表1 北京市“三城一区”各区域规划发展定位

（四）社会组织驱动联动，利益分配有待优化

虽然社会组织出于市场驱动推动“三城一区”融合联动发展，中关村知识产权保护中心、中关村技术经理人协会等社会组织为“三城一区”创新主体提供跨区域、多元化的科技服务，促进创新资源流通。但“三城一区”间缺乏科学的利益分配机制，且在产业布局方面存在重叠和同质化竞争，各区存在各自为政、相互竞争的问题，容易加剧行政区域利益主体“壁垒”，阻碍创新要素的市场化自由化流动。